Sindirim kanalındaki değişimler, hamilelikte erken başlar ve genellikle yükselen progesteron düzeylerine bağlıdır. Progesteron dediğimiz hormon düzeyinin yükselişine bağlı olarak sindirim sisteminin tümünde hareket azalır. Bundan dolayı, midenin boşalma zamanı gecikir, yemek borusunun tonusu düşer ve mide ile yemek borusu arasındaki sfinkterin fonksiyonu yeterli olmaz. Aynı zamanda bağırsak hareketlerindeki azalma, hamilelikte sık rastlanan kabızlık şikayetlerine yol açar. Yine venöz basıncın artışı sıklıkla basura (hemoroidlere) neden olur. Safra kesesi fonksiyonu da, hamilelikte belirgin biçimde değişir. Safra kesesinin boşalma süresi uzar ve hacmi artar. Bu fonksiyonun yavaşlaması ve safra bileşiminin değişmesi safra taşlarına eğilimi artırır.