Kadın sünnetinin tahmin edilebileceği gibi yaşattığı travmanın yanı sıra sünnet esnasında enfeksiyon ve kanama riski çok yüksek. Çağ dışı bu uygulama steril olmayan aletler ve mekanlarda yapıldığından fiziksel etkileri çok çeşitli olabiliyor. Kadın sünneti doğum sorunlarına ve ölü doğumlara da neden olabiliyor.